生物工程（Biological Engineering或bioengineering）或称“生物系统工程”，是一种即利用数学、物理的法则，以及工程学本身的解析及综合方法学，以应付在生物学及医学范畴上种种新挑战的学科。它应用了工程学的法则、技术和组织方法于分子生物学、生物化学、微生物学、药理学、蛋白化学、细胞学、免疫学、神经生物学及神经科学，以人工再现生物的整个生命进程或者生命进程中的一部分。
与生物医学工程的区分：生物医学工程是生物工程的一个分支；生物工程本身包含生物过程工程、基因工程和生物医学工程三个分支。

分类

生物工程一般分为以下三个领域：

• 生物过程工程（Bioprocess Engineering），含：
• 生物进程设计（Bioprocess Design）
• 生物催化学（Biocatalysis）
• 生物分离学（Bioseparation）
• 生物信息学（Bioinformatics）


• 基因工程（Genetic engineering），含：
• 合成生物学（Synthetic Biology）
• 细胞工程（Cell Engineering）
• 组织工程（Tissue engineering）
• 基因水平转移（Horizontal gene transfer）
• 异源生物学（Xenobiology）


• 生物医学工程学，含：
• 生物医学技术（Biomedical technology）
• 生物医学诊断（Biomedical Diagnosis）
• 生物医学治疗（Biomedical Therapy）
• 生物力学（Biomechanics）
• 生物材料学（Biomaterials）